La Commissione Europea ha concluso la complessa analisi dei contributi erogati dalla Stato dal 1998 a oggi, quindi sia prima che dopo la privatizzazione della compagnia. Il 3 marzo 2020 ha reso pubblica la sua decisione, che mostra esisti diversi riguardo ai periodi storici e alle formule di finanziamento. La Commissione doveva decidere se tutti i fondi passati dalla Stato alla compagnia sono stati conformi alle normative comunitarie sugli aiuti di Stato, rilevando che alcuni lo sono e altri no. La decisione più importante riguarda il periodo dal 2009 a oggi, posto sono analisi nel 2011 dopo alcune denunce di aiuti illegali presentate alla Commissione dopo la cessione della compagnia al Gruppo Onorato.
La valutazione approfondita relativa agli ultimi dieci anni ha portato a una decisione articolata in cinque punti. Il primo riguarda le compensazioni degli obblighi di servizio pubblico (circa 265 milioni di euro) concesse a Tirrenia per la gestione di dodici rotte marittime dal 1º gennaio 2009 al 18 luglio 2012, che per Bruxelles sono compatibili con la normativa comunitaria perché soddisfano una reale necessità di servizio pubblico e non comportano una sovra-compensazione a favore di Tirrenia. Il secondo punto riguarda le compensazioni degli obblighi di servizio pubblico (pari a circa 581 milioni di euro) concesse a Cin per il periodo dal 18 luglio 2012 al 18 luglio 2020 e la gara d'appalto per la vendita a Cin del ramo d'azienda di Tirrenia, che anch'esse non si configurano come aiuti di Stato.
Gli altri punti viceversa si configurano come illegittimi aiuti di Stato. Il primo è la proroga “illegale” di un anno, oltre il periodo di sei mesi previsto, dell'aiuto al salvataggio concesso a Tirrenia; il secondo è l'utilizzo a fini di liquidità dei fondi destinati alla ristrutturazione delle navi (perché Tirrenia non ha rimborsato tali fondi allo Stato né li ha utilizzati per il loro scopo originario); il terzo punto riguarda le esenzioni dal pagamento di alcune imposte di cui ha beneficiato Tirrenia nel contesto del processo di privatizzazione, che hanno ridotto i costi che Tirrenia avrebbe altrimenti dovuto sostenere. In questi tre casi, Lo stato deve recuperare 14 milioni di euro. La Commissione precisa però che “poiché non vi è alcuna continuità economica tra Tirrenia e il suo acquirente Cin, il recupero dell'aiuto incompatibile riguarderà soltanto Tirrenia, che si trova già in liquidazione”.
Anche per quanto riguarda i contributi pubblici a Tirrenia dal 1992 al 2008 – si tratta di 1,5 miliardi di euro per Adriatica, Caremar, Saremar, Siremar e Toremar - la decisione della Commissione Europea è articolata. Bruxelles è tornata sulla questione dopo l'annullamento da parte del Tribunale dell'Unione Europea, nel 2009, di una decisione della Commissione del 2004 che approvava l'aiuto. Il primo punto considera legittimi, in quanto aiuti esistenti, quelli concessi per la fornitura di servizi di cabotaggio marittimo e il trattamento fiscale relativo agli oli minerali utilizzati come carburanti e quelli concessi per la prestazione di servizi di trasporto marittimo internazionale.
La Commissione aggiunge però che “gli aiuti concessi ad Adriatica per l'esercizio di una rotta da e verso la Grecia nel periodo dal gennaio 1992 al luglio 1994 sono incompatibili con le norme UE in materia di aiuti di Stato in quanto, all'epoca, Adriatica aveva preso parte ad un cartello in cui venivano fissati i prezzi delle tariffe applicabili ai veicoli commerciali su tale rotta”. Quindi lo Stato italiano deve recuperare un milione di euro, anche in questo caso dalla Tirrenia in liquidazione.